故事围绕一家位于城市角落、毫不起眼的“洞洞杂货店”展开。店主是一位看似平凡的青年，店内摆满了各种有“洞”的物品——有破洞的渔网、缺了口的碗、虫蛀的树叶。每个“洞”都连接着一段被人遗忘的记忆或时空缝隙。失意的上班族、迷路的孩子、争吵的情侣，在机缘巧合下进入这家店，从这些不起眼的“洞”中，窥见被自己忽略的真相与温情。
独居老人总听到隔壁有怪声，在杂货店买了个墙洞贴纸贴上，竟看到隔壁独居青年每天对着空气说话，实则在给去世的奶奶汇报生活。老人从此不再孤单。
少年写给已故父亲的信总是被退回，店主给他一张被虫蛀的纸。少年将信写在上面，虫洞将文字传回过去，父亲在意外前看到了那封迟来的“我爱你”。
一位事业有成的女强人买下破碗，每次用它吃饭，耳边都会响起童年时母亲责备自己打碎碗的声音。她终于鼓起勇气回家，发现母亲依然留着那堆碎片。
一双布满灰尘的洞洞鞋，曾随主人环游世界。新主人穿上它，每走一步都能感受到前一任主人的冒险精神，最终也踏上了属于自己的旅途。
侦探在调查一桩悬案，在杂货店买了一个放大镜，透过针孔看到线索。他发现真相并不在证据链中，而在于受害者生前为爱人缝补衣服的一针一线里。
店主送给失恋女孩一块没有洞的石头，告诉她完美本身就是一种缺陷。女孩抱着石头大哭，终于接受了不完美的自己，也接受了不完美的爱情结局。